インフルエンザ様症状調査から全米武漢コロナ感染率を見積もる

全米で猛威を奮っていた季節性インフルエンザ症状の多くは実は武漢肺炎で、すでに2千８百万人がが感染しているという論文です。現在２万人が亡くなっており、致死率は０．１％ということになります。米国における集団免疫獲得もそう遠くありません。

Using ILI surveillance to estimate state-specific case detection rates and forecast SARS-CoV-2 spread in the United States

View ORCID ProfileJustin D Silverman, View ORCID ProfileNathaniel Hupert, View ORCID ProfileAlex D Washburne

doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.01.20050542

This article is a preprint and has not been certified by peer review [what does this mean?]. It reports new medical research that has yet to be evaluated and so should not be used to guide clinical practice.

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Abstract

武漢コロナ感染は現在PCR検査で判定されている。

しかしながら、米国に感染が広まった初期には十分に把握できなかった、PCR検査に限界があるからだ、そして無症状感染者もいる、不顕性感染だ、さらには標準的な咳や熱とは異なる症状を示すことも有り、武漢コロナの本当の感染者は過小計測されている。ここで我々が多なった分析はCDCのインフルエンザ様症例（ILI)公開調査データを用いたものだ、これを利用して武漢コロナ感染率を評価した。季節的平均を超える非インフルエンザILI数が急増していることを我々は見出した、そしてこの急騰は全米武漢コロナ確定患者数と相関している。通常年と比べて３月の過剰ILI患者数を定量的に計測し、これを武漢コロナ確定患者数と過剰ILIを較べた、我々の推定では、米国での症例患者把握率は１００分の１だ。この結果からすると、３月８日から３月２８日までの三週間ですでに全米で２８百万の人が感染している。米国に感染が始まった時期からの過剰ILI患者数を勘案すると、米国での感染者数の初期感染者増加割合は３．５日毎に倍増していた。これらのことを総合的にみると、米国で急速に感染拡大した武漢コロナ感染モデルとして、感染者の大半は軽度ー中程度症状だったと推測される。私どもはこの分析結果を血清抗体検査で確認する重要性を強調する、そしていま新たに起きている感染症の理解と初期全体状況把握のためには一連の症例推移把握が有用であることを議論する。

Detection of SARS-CoV-2 infections to date has relied on RT-PCR testing. However, a failure to identify early cases imported to a country, bottlenecks in RT-PCR testing, and the existence of infections which are asymptomatic, sub-clinical, or with an alternative presentation than the standard cough and fever have resulted in an under-counting of the true prevalence of SARS-CoV-2. Here, we show how publicly available CDC influenza-like illness (ILI) outpatient surveillance data can be repurposed to estimate the detection rate of symptomatic SARS-CoV-2 infections. We find a surge of non-influenza ILI above the seasonal average and show that this surge is correlated with COVID case counts across states. By quantifying the number of excess ILI patients in March relative to previous years and comparing excess ILI to confirmed COVID case counts, we estimate the syndromic case detection rate of SARS-CoV-2 in the US to be approximately 1 out of 100. This corresponds to at least 28 million presumed symptomatic SARS-CoV-2 patients across the US during the three week period from March 8 to March 28. Combining excess ILI counts with the date of onset of community transmission in the US, we also show that the early epidemic in the US was unlikely to be doubling slower than every 3.5 days. Together these results suggest a conceptual model for the COVID epidemic in the US in which rapid spread across the US are combined with a large population of infected patients with presumably mild-to-moderate clinical symptoms. We emphasize the importance of testing these findings with seroprevalence data, and discuss the broader potential to use syndromic time series for early detection and understanding of emerging infectious diseases.